D'une part, San Carlino se trouve au sommet du Quirinal, l'une des sept collines sur lesquelles s'élevait autrefois la Rome antique, et porte le nom de quatre fontaines artistiques construites au même endroit au XVIe siècle.

Au XVIe siècle, le pape Sixte Quint a voulu faciliter l'orientation des pèlerins dans Rome et a donc tracé des rues droites et perpendiculaires dans la zone, au bout desquelles il a placé les anciens obélisques ramenés d'Égypte par les Romains: Porta Pia, l'une des anciennes entrées de la ville par le mur d'Aurélien, l'obélisque à côté de l'abside de la basilique Sainte-Marie-Majeure, l'obélisque sur les marches de la place d'Espagne et l'obélisque devant le palais du Quirinal.

Pour compléter l'œuvre, le pape ordonna l'érection de quatre fontaines artistiques au carrefour de ces rues, une fontaine à chaque angle.

C'est cet emplacement entre les quatre fontaines qui donne son nom à l'église et la distingue d'autres édifices sacrés postérieurs également dédiés à Saint Charles Borromée à Rome.

San Carlino est situé à quelques mètres du palais du Quirinal. Le pape Grégoire XIII a érigé ce magnifique bâtiment au XVIe siècle pour en faire une résidence d'été papale.

Mais avec la réunification et la conquête de Rome en 1870, il est devenu le siège du chef de l'État italien : dans un premier temps, lorsque la monarchie régnait, il s'agissait du palais royal. Plus tard, après la proclamation de la République en 1946, il est devenu la résidence du président de la République italienne, fonction qu'il occupe encore aujourd'hui.