Une belle crypte conçue par Francesco Borromini lui-même est conservée sous l'église de San Carlino.

Comme la plupart des cryptes d'église, l'hypogée de San Carlino avait une fonction structurelle : il servait de fondation à l'église et la protégeait de l'humidité.

Mais il avait aussi une fonction fonctionnelle : celle de cimetière. Pendant de nombreux siècles, la coutume ecclésiastique et sociale d'enterrer les morts dans ou autour des églises a existé, jusqu'à la fin du XVIIIe siècle, lorsque, pour des raisons sanitaires, il est devenu nécessaire d'enterrer les morts dans des cimetières situés en dehors des villes et en plein champ. La crypte de San Carlino a été utilisée comme cimetière jusqu'à la période napoléonienne.

D'un point de vue structurel, la crypte de San Carlino se distingue par le fait qu'elle reprend exactement le plan de l'église supérieure et que, sans le trompe-l'œil de la conception de l'église, elle montre clairement l'exiguïté de l'église.

De même, comme dans l'église supérieure, les murs latéraux de la crypte présentent des "quatre façades" disposées de manière figurative vers l'intérieur : quatre ouvertures en forme de portes flanquées de niches qui donnent l'impression d'être des fenêtres.

L'entrée de la crypte est également frappante : l'ouverture rectangulaire et statique est "sectionnée" par la structure circulaire et dynamique de l'escalier en colimaçon en porte-à-faux qui y mène.

La crypte est couverte d'une coupole très difficile à construire, car il s'agit d'une structure très basse avec des lunettes et reposant sur des murs non rectilignes. Seule l'habileté de Borromini a permis de surmonter la difficulté d'une telle construction avec les matériaux de l'époque.

La crypte contient une salle que Borromini avait conçue comme son tombeau. Mais étant donné sa mort tragique, résultat d'une longue agonie après une tentative de suicide ratée, il décida de ne pas utiliser la crypte de San Carlino, sa grande œuvre architecturale, et préféra être enterré à côté de Carlo Maderno, son parent éloigné, grand ami et maître distingué.

Il s'agit d'une petite pièce, couverte d'une petite coupole et éclairée par une lucarne qui permet à la lumière d'entrer par la façade latérale du couvent.