En 1805, la péninsule italienne est gouvernée par Eugène de Beauharnais, beau-fils de Napoléon, en tant que virey, qui s'installe dans le palais du Quirinal tout proche.

Il transforma le couvent de San Carlino en caserne pour l'armée impériale et l'église en écurie. Il s'agit d'un épisode historique tragique de l'affaiblissement de l'art et de la profanation du sacré.

Le 20 septembre 1870, les troupes d'assaut de l'armée de réunification de Garibaldi ont pris d'assaut Rome, ouvrant une brèche dans le mur d'Aurélien près de la Porta Pia.

Les "bersaglieri" conquièrent Rome en passant devant San Carlino. Le pape Pie IX se réfugie derrière le mur léonin qui entoure le Vatican et se déclare prisonnier à l'intérieur. Cette situation dura jusqu'à la signature des pactes du Latran, le 11 février 1929, qui permirent la création de l'État souverain de la Cité du Vatican.

Pendant la Seconde Guerre mondiale (1914-1918), le pape Pie XII a exhorté les ordres religieux et le clergé de Rome à abriter et à cacher des Juifs dans leurs couvents et autres édifices religieux afin de les protéger du génocide nazi ; il les a lui-même abrités au Vatican et dans le palais de Castelgandofo.

Conformément aux directives du pape, San Carlino hébergea une famille juive à l'intérieur. Le danger de la situation est d'autant plus grand que le bâtiment situé juste en face du couvent est la résidence d'officiers allemands de haut rang.

Ainsi, Saint Charles des Quatre Fontaines, comme beaucoup d'autres couvents et résidences du clergé de Rome, pourrait bien avoir son arbre dans le Jardin des Justes des Nations à Jérusalem.

Actuellement, les relations entre la communauté trinitaire de San Carlino et l'État italien sont principalement de nature culturelle, afin de conserver et de mettre en valeur l'ensemble de son patrimoine artistique. Ces relations s'établissent principalement avec la Surintendance au patrimoine artistique et culturel, une institution qui s'intéresse à San Carlino depuis plusieurs décennies et qui a trouvé dans la communauté trinitaire des collaborateurs qui ont essayé d'assumer leur responsabilité en tant que propriétaires de trésors artistiques aussi illustres.